Fray Damián Pérez, predicador apostólico y procurador del Colegio de Propaganda Fidei de San Carlos, solicitó y obtuvo permiso en Septiembre de 1799, para erigir un oratorio público donde estaba edificado un hospicio u hospedería para los misioneros franciscanos que llegaban del interior. El oratorio fue puesto bajo la advocación de Nuestra Señora de Balvanera.
En España, donde tiene origen esta devoción de la Virgen, se denomina Valvanera, forma que el uso popular, en nuestro país, transformó en Balvanera.
Suprimido el hospicio por ley de Rivadavia en 1822, permaneció librada al publico la Capilla. En Abril de 1833 es erigida como Parroquia por el Vicario Capitular Monseñor Mariano Medrano, la que comenzó a funcionar el 16 de Mayo del mismo año.
En 1839 comenzaron los trabajos de refacción del templo, que fue solemnemente inaugurado y bendecido el 4 de abril de 1842.
Actuó como madrina Manuelita Rosas y la Parroquia comenzó a llamarse Nuestra Señora de Balvanera de la Encarnación, en homenaje a la esposa de Rosas, Doña Encarnación Ezcurra, fallecida poco tiempo atrás. Esta advocación se perdió en 1852.
Es la única Parroquia erigida durante el gobierno de Juan Manuel de Rosas.
Con el tiempo hizo falta ampliar y refaccionar nuevamente el templo, quedando con las características actuales hacia 1860.
Fuente: Comision de Investicag. Historico Eclesiasticos del Arzobizpado de Bs As. Historia de Parroq de Bs As.